DEPARTAMENTO DE FÍSICA

 

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Ano letivo: 2004-2005
Specification sheet
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Specific details
course codecycle os studiesacademic semestercredits ECTSteaching language
16pt


Learning goals
Nesta unidade curricular o aluno deve adquirir competências nos princípios básicos das aplicações em bioinformática utilizando a informação disponível na Internet: bases de dados de sequências de nucleótidos, de sequências de proteínas, de estruturas tridimensionais; Ferramentas de análise de sequência e de estruturas; anotação das bases de dados. Análise filogenética e da expressão génica.

Syllabus
Bloco I: Introdução á bioinformática:
-Dogma da biologia molecular: DNA, RNA, Proteína
-Paradigma da Bioinformática: Sequência, estrutura, função
Bloco II: Organização da informação biológica base de dados:
Nucleotidos: alinhamento de sequências (blast, fasta)
Proteínas: alinhamento múltiplo, conceitos de semelhança e homologia (Blastp, psiblast, fasta, clastalw)
Estrutura de proteínas: análise de estrutura secundária e terciária
Famílias de proteínas: motivos, domínios cluster
Genomas
Análise filogenética
Análise da expressão génica
Conclusões: Presente e o Futuro
Prerequisites
Generic skills to reach
. Competence in analysis and synthesis;
. Computer Skills for the scope of the study;
. Competence to solve problems;
. Using the internet as a communication medium and information source;
. Competence in autonomous learning;
. Competence in information management;
. Competence for working in group;
. Critical thinking;
. Competence in applying theoretical knowledge in practice;
(by decreasing order of importance)
Teaching hours per semester
lectures5
theory-practical classes10
laboratory classes40
tutorial guidance5
total of teaching hours60

Assessment
Laboratory or field work50 %
Project25 %
Other25 %

Bibliography of reference
David W. Mount (2004)Bioinformatics: Sequence and Genome Analysis. 2ª ed.
CSHL Press

Westheah, D.R., Parish, J.H. e Twyman, R.M. (2002) Bioinformatics, BIOS Oxford UK.

Teaching method
O ensino desta unidade curricular será realizado em módulos introdutórios de aulas teóricas, teorico-práticas e aulas práticas laboratoriais. Nas aulas teóricas serão introduzidos os conceitos essenciais de cada bloco de ensino. Nas aulas práticas, os alunos, em grupos de dois elementos realizaram de forma autónoma pequenos projectos dentro da área da bioinformática. No final de cada tema os alunos apresentam e discutem os resultados seus projectos em secções alargadas de ensino.
Resources used
Sala equipada com computadores com ligação à internet.