Revisões de mecânica estatística: ensembles, flutuações, funções de correlação e coeficientes de transporte.

Potenciais par e inter-moleculares empíricos e semi-empíricos.

Dinâmica molecular clássica: equações do movimento, inicialização da simulação, algoritmos para integração das equações do movimento, formulação de Liouville.

Simulações a temperatura ou pressão constante: termostatos de Andersen e Nosé-Hoover e baróstatos.

Determinações de energia livre: integração termodinâmica, potencial químico, ensemble de Gibbs, energias livres de sólidos, sistemas fora do equilíbrio.

Aspetos técnicos: interações de longo alcance, eventos raros, supercomputadores.

Dinâmica molecular ab-initio: Born-Oppenheimer, Ehrenfest, Car-Parrinello, QM/MM.

Aplicações.

Understanding Molecular Simulation: From Algorithms to Applications
Daan Frenkel and Berend Smit
Academic Press (2002)

Computer Simulation of Liquids
M. P. Allen and D. J. Tildesley
Oxford University Press (1987)

Ab Initio Molecular Dynamics: Basic Theory and Advanced Methods
Dominik Marx and Jürg Hutter
Cambridge University Press (2009)

The Art of Molecular Dynamics Simulation
D. C. Rapaport
Cambridge University Press (2004)

A molecular dynamics primer
Furio Ercolessi
http://www.fisica.uniud.it/~ercolessi/md/md/

Molecular dynamics without effective potentials via the Car-Parrinello approach
Dahlia K. Remler , Paul A. Madden
Molecular Physics 70 (1990) 921-966

Iterative minimization techniques for ab initio total-energy calculations: molecular dynamics and conjugate gradients
M. C. Payne, M. P. Teter, D. C. Allan, T. A. Arias, and J. D. Joannopoulos
Rev. Mod. Phys. 64 (1992) 1045-1097